FBI：美国历史上最早的正式情报机构，最早建于1908年，全称为联邦调查局。据传最早是为抓捕当时第一大犯罪分子——约翰·迪灵杰（《人民公敌》）。经历数十年的变化，FBI已成为调查国内恐怖事件的主要力量。与其他情报机构相比，FBI有一真一假经济罪案调查科（《猫鼠游戏》）和潜科学部门（《危机边缘》）。前者始建于20世纪60年代据传是为了抓住当时年仅21岁的天才罪犯小弗兰克·阿巴尔格拉，他年纪轻轻就曾以各种身份骗取数百万美元，免费环游整个美国，将FBI涮的团团转。从此犯罪不再是一种粗暴的行为，“高智商犯罪”成为了一个词汇。后者是一个只存在于电视中的机构，它始建于上世纪90年代，建立目的是为了解决科学无法解决的特殊现象。这个部门在这10多年来逐渐由一个只有两人的小部门发展为一个拥有最高权力的特属机构，曾调查外星人，现在在与平行世界进行战争。
CIA：全称中央情报局，始建于二战期间，最初是为了防止法西斯的情报渗透以及向法西斯内部渗透。由于其在全球有了广泛的情报网，所以CIA逐渐成为美国全球情报收集和跨国特工行动的主要负责机构。CIA拥有大量人才，也有着很多故事。杰森·伯恩（谍影重重）曾是其中最著名的一员，但在一次任务中失去了记忆，并遭到CIA特工追杀。为了寻找记忆，他逐渐深入CIA内部，发现了自己的失忆并非偶然，并且与局里一项被称为“踏脚石”的计划有着巨大的关联。在经历了3年的“猫鼠游戏”后，最终杰森找回了自己的记忆并揭穿了当时局里的内幕。这位传奇特工至今在CIA中依然没有任何记录，他的存在依然是一个谜。伊森（碟中谍）也是这样的一个特工，他散漫不经却又能力极强，曾4次完成了所谓“不可能的任务”，从恐怖分子、军火商的手中一次次解决危机。现在这位处于半退休状态的特工依然壮心不已，据传还要重新出山为中情局效力。这些都是老一辈的特工了，如今新一辈的特工也有所成绩。第一年的新生安妮·沃克（谍影狂花）为了寻找过去而加入CIA，并被选入直属秘密部队，在一年间解决了大量棘手案件。在这其间她逐渐发现了自己为何被选入这个单位的真实原因。CIA最著名的是它的总部——兰利。它的所在地是一个巨大的谜团，每年都有大量黑客、恐怖分子等等试图找到这个地点，但从来没有人找到这个地方。除此之外，CIA还与NSA有着合作关系，他们联合建立买有多“超市”（超市特工）作为情报基地。
其他：除此之外，在2001年“9·11”事件后，美国又出现了多个特工机构如NCIS(NCIS、NCIS:LA)、CTU(24)等。前者是海军罪案调查局，负责与海军相关的一切罪案调查。目前已有8年的历史，其洛杉矶分部也已成立第二年了。其队伍成员多样，包含特工、心理学家、黑客、证件专家。该部直属于五角大楼，在处理相关案件时有着优先审问权利。后者全称反恐特勤局。建立于2001年，其目的在于侦测国内恐怖分子，解决国内恐怖事件。在其建立的八年时间里，曾遭遇过多次重大危机，既面临过总统遭到恐怖分子暗杀，也遇到过核弹危机问题，但都被一一解决。尽管这样，CTU依然成为了一颗政治家的棋子，受人操纵。CTU著名特工、前CTU主任杰克·鲍尔更是无辜背上了叛国的罪名潜逃在外。永远摆脱不了政治的枷锁，这也许才是情报机构最无奈的宿命吧。
